Vargas foi preso na 11ª fase da Lava Jato, em abril de 2015, e estava no Complexo-Médico Penal (CMP) em Pinhais, na Região Metropolitana de Curitiba. Ele, que teve três condenações, foi o primeiro político sentenciado em um processo da operação.

A liberdade condicional foi concedida após o cumprimento de 37% da pena imposta na primeira condenação, apresentar comportamento satisfatório na prisão e comprovação do início do pagamento parcelado da reparação de danos de R$ 1.103.950,12.

O benefício, segundo a decisão, pode ser revogado caso uma das 72 parcelas de R$ 15.332,64 não sejam pagas. A juíza afirma que o ex-deputado comprovou o pagamento de duas parcelas.

• Apresentar-se bimestralmente perante o juízo da comarca onde irá residir;
• Não se ausentar da comarca onde reside, por mais de 15 dias, sem prévia autorização judicial;
• Recolher-se diariamente até as 23h em sua residência;
• Obter ocupação lícita seja através do Programa Começar de Novo do CNJ ou através de emprego formal ou, ainda, frequentar curso de ensino formal ou profissionalizante a ser indicado e fiscalizado pelo Juízo da comarca onde irá residir.

Na 11ª fase da Operação Lava Jato, em 2015, o juiz Sergio Moro condenou Vargas a 14 anos e quatro meses de reclusão, pelos crimes de corrupção passiva, lavagem de dinheiro, e o absolveu pelo crime de pertinência a organização criminosa.

Essa pena inicial foi reduzida pelo Tribunal Regional Federal da 4ª Região (TRF-4), ficando com 13 anos, 10 meses e 24 dias.

Em 2017, o ex-deputado foi condenado por lavagem de dinheiro a quatro anos e meio de reclusão.

A terceira condenação de Vargas ocorreu em agosto de 2018, quando recebeu pena de seis anos de prisão pelo crime de lavagem de dinheiro.

Em nota, os advogados de defesa de André Vargas disseram que a decisão foi “acertada” e que ele deixou o CMP “após o cumprimento de todos os requisitos legais e inúmeras demandas judiciais opostas em face das lacunas do sistema de execução penal”.